环境科学与工程学院具有完整的学士、硕士和博士三级培养体系。2000年首批成为环境科学与工程一级学科博士学位授权点单位、并拥有环境科学与工程一级学科博士后流动站。2001年环境科学专业被教育部批准为首批国家重点学科，2007年环境科学专业继续被教育部批准为国家重点学科。一直是国务院学位委员会学科评议组召集人和成员单位,还是2006-2010年教育部高等学校环境科学与工程教学指导委员会委员单位、环境科学类专业教学指导分委员会副主任单位，以及国务院学位委员会学科评议组成员单位。
全院现有专职教师80人，其中教授24名（包括博士生导师19名），副教授36名。教师队伍中包括了老一辈国内著名学者和“长江学者”特聘教授、讲座教授、“跨（新）世纪优秀人才”及南开大学特聘教授。已形成了老中青结合、专业知识结构合理、学科特色鲜明的学术梯队。学院每年招收本科生80人，硕士、博士研究生140左右。目前在读本科生和研究生的比例为1：1.31。实现了研究型大学的合理比例。学院已培养出千余名毕业生，他们大多从事国家环境保护的科研、教学和管理工作，并发挥了重要的作用。学院曾被国家环保部、国家教育部授予“环境教育先进集体”光荣称号。
多年来，学院十分重视科学研究和学术交流活动，主持或参与了上百项国家自然科学基金（重大、重点、一般及杰出青年基金）项目、国家科技支撑项目、“863”高技术研究发展计划课题、“973”重点基础研究发展计划课题、省部级重大和重点项目、国际合作项目以及企业委托项目。在污染生态与环境化学、大气颗粒物污染防治、环境污染与防治、水资源与微污染水体治理、环境基准、环境评价与管理、环境与社会发展、城市公共安全规划和循环经济等研究领域形成了明显特色，取得了一批高水平研究成果，某些领域的成果已接近或达到国际同类研究先进水平。2001-2005年分别获国家自然科学二等奖和国家级教学成果二等奖各1项，获省部级科技进步二、三等奖10余项，申请国家专利47项， SCI/EI收录论文近100篇，主编和参编教材及论著25部，有6部教材被评为国家“十一五”规划教材。在积极开展国内外学术交流方面，学院也取得了丰硕的成果。学院现为UNITWIN/Toyota/UNESCO环境管理教席主持人单位。已和国外十余所大学建立了学术交流关系，与美国、加拿大、日本、韩国、新加坡等国家和香港、台湾等地区的大学和研究机构保持着密切的联系，建立了实质性的科研合作关系，科研人员交流频繁。学院聘请了美国、加拿大、日本等国家及香港等地区的知名学者为客座教授，推动了学院学术交流的发展。学院多次主办国内/国际学术研讨会，在国内外学术界取得了积极的反响和高度的评价。
学院具有良好的教学和科研条件，建成了面积达1000平方米的功能齐全、设施先进的环境科学教学实验中心，拥有现代化的实验室、制图室，除具备培养学生必需的基础实验仪器设备外，还有大型仪器多件套，如：ICP、GC-MS、HPLC-MS、气相色谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪、超临界流体萃取仪、环保专用测试仪器等。目前已有中外文图书千余册，中外文期刊70余种，覆盖了本学科所有核心刊物，形成了具有专业特色的系统的馆藏体系，独立开发了“循环经济数字图书馆”动态网站。三年来，学院与图书馆协调合作，购置了几十万册中外专业图书，放置于校图书馆各借阅处，供全校师生利用。学院配备了计算机网络终端，为学生提供免费上网查询资料机会。此外，南开大学购买了多家国内、国际学术期刊出版商的网络版使用权，适应了科学研究国际化、电子化的发展趋势。
学院目前拥有环境科学和环境工程2个本科专业，有环境科学、环境工程、安全技术及工程、环境管理和经济4个硕士点，环境科学与工程一级博士授权点，2000年设立南开大学环境科学博士后流动站。
环境科学专业
环境科学专业是全国综合性大学最早建立的环境科学专业之一，从 1976 年开始招收环境化学本科生，至今培养本科毕业生近千名。环境科学专业的培养目标是培养具有良好的科学素质、系统的环境科学基础和较全面的环境科学专业知识，获得科学研究的初步训练，具有分析问题和解决问题的能力，能在环境科学和环境保护事业及有关科学领域从事科研、教学和技术管理工作的高级专门人才。环境科学专业师资力量雄厚，教学条件良好。环境科学专业目前共有专业教师41人，其中教授13人，副教授17人，讲师11人；除了具备培养学生必需的基本实验仪器设备外，该专业还拥有大型仪器多台 / 套，如ICP、GC-MS、HPLC-MS、气相色谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪、原子吸收分光光度计、超临界液体萃取仪等。
环境科学专业学生所学课程除数学、物理、化学、生物、计算机、外语等基础课外，主要专业基础课和专业课有：生态学基础、地学基础、工程原理及制图、环境信息系统、环境监测、环境化学、环境生物学、环境工程、环境学基础、环境质量评价与规划、概率与数理统计、环境管理与环境法学、环境伦理学、环境微生物学、数学模型及某些相应课程实验课等。其中“环境学基础”为天津市市级精品课，“环境化学”为南开大学示范精品课；“环境监测”、 “环境信息系统”、“生态学基础”为南开大学精品课；“环境化学”、“环境信息系统”、“环境监测”课程都为双语教学立项课程。
本专业2008年就业率达100%，其中43.5%被免试推荐或考取研究生，6.5%出国留学，其余50%毕业生就业方向主要是国家机关、高校及科研院所、企业及公司。
环境工程专业
环境工程专业于1998年设立，目前共有专业教师39人，其中教授11人，副教授19人，讲师9人；该专业培养具备城市和城镇水、气、声、固体废物等污染防治和给排水工程、水污染控制规划以及水资源保护等方面的知识，具备较高的动手与实践能力，能在市政建设、工矿企业、科研院所、环保部门、政府机关、经济管理、规划部门和学校等从事设计、研究、施工、规划管理和教育方面工作的高级工程技术人才。
本专业学生所学课程除高等数学、物理、化学、外语、工程制图、计算机、理论力学、材料力学、结构力学、测量学等基础课外，主要专业课包括：物理化学、水分析化学、工程流体力学、环境工程微生物学、环境监测、环境学基础、水污染控制工程（给水与污水处理）、大气污染控制工程、环境系统分析等。学生还将受到工程设计、污染监测与分析、计算机技术及绘图、管理规划等方面的基本专业技能训练。其中“环境学基础”课程为天津市市级精品课，“环境监测”为南开大学精品课。“环境监测”、“工程流体力学”课程为双语教学立项建设课程。
本专业2008年就业率达94.5%，其中41.7%被免试推荐或考取研究生，5.6%出国留学，其余47.2%毕业生工作，就业方向主要是设计单位、科研单位、各级政府环保部门、高等院校、大型企业的环保机构以及合资企业。
