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医学基础部成立于2003年。承担医学类所有专业基础医学课程的理论和实践教学。2015年学院对医学系部实验室进行了资源、人员整合，设立了医学实训中心，归属于医学基础部管理。一个机构，两块牌子，全称：医学基础部暨医学实训中心，承担了医学类所有专业基础课程的理论教学以及实践教学。2017年卓越院校建设需要，实行了院系整合，机构名称更名为基础医学部。
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公共基础部成立于2003年12月，是我院重要的教学部门。现有专任教师66人、校外兼职与外聘教师10人，校内兼课教师7人，其中教授1人，副教授29人、讲师36人，硕士22人。下设体育场馆中心、教务科、综合科、培训科、普通话测试站、思政、体育2个教学部;涵盖语文、职业人文、数理、思政(基础、概论)、体育6个教研室。
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国际教育学院成立于2018年1月，是学院承担全院外语教学、涉外学生与来华留学生的教学管理、国际合作与交流的二级学院。主要负责全院外语教学管理、涉外学生与留学生的教学管理、中外合作办学项目的教学和管理、外国专家与外籍教师管理以及国际合作与交流等工作，承办托福语言培训、雅思语言培训以及出国咨询服务等项目。
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生物环境工程学院是由原岳阳市农业学校动物、植物、设计类专业经过近50年的办学历程发展而来，其教学成果斐然、科研特色鲜明、社会效益显著。在多年的教育教学过程中，在各级各类学术刊物上发表科研论文130多篇，主编和参编各类教材40余本。近五年来主持并完成了各级科研项目10余项，现有在研项目5项。
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岳阳职业技术学院商贸物流学院开设有会计、市场营销、旅游管理、港口物流管理、国际商务五个专业，在校学生1700余人。现有教职工64人，其中教授1人，副教授17名，硕士28人，注册会计师1人，省级教学名师1名，青年骨干教师8名，专业带头人5名，来自企业兼职教师11人，双师素质教师占全体专任教师人数的70%。我院一贯坚持“市场导向、能力本位”的办学理念，积极推行“双证制”，
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信息工程学院是岳阳职业技术学院重点建设院部之一，开设有软件技术、移动应用开发、数字媒体应用技术(UI、VR方向)、大数据技术与应用等专业。2004年以来，我院先后与印度NIIT、美斯坦福(中国)IT教育总部、美和易思、北京新迈尔公司、华为合作，引入全球领先的课程体系，对传统教学模式及教学体系进行了全面的改革。采用工单制教学、双导师包班制教学，实施卓越项目管理提升学生的专业技能，培养良好的职业习惯，人才培养质量显著提高。近三年，学生技能竞赛成果丰硕，获全国一等奖2个、二等奖8个，获省级1等奖11个、二等奖23个、三等奖22个。
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岳阳职业技术学院机电工程学院(游乐设施学院)拥有中央财政支持的数控基地，湖南省应用电子技术专业教师专业技能教学水平认证培训基地，湖南省机电一体化技术优秀专业教学团队。学院面向休闲娱乐的游乐产业，以游乐设施为主线，构建了由机电一体化技术(游乐设施运营与维护)、机械制造与自动化、机械产品检测检验技术、应用电子技术、工业机器人技术和汽车检测与维修技术专业组成的健康装备制造与维护专业群，被学院列为重点建设专业群。该专业群已成功入选湖南省一流特色专业群(高职教育“双一流”项目)。
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医学院是岳阳职业技术学院的二级学院，其临床医学专业历经了60余年的发展与沉淀，俨然成为了岳阳职业技术学院的一张名片。现开设有临床医学、药学、助产、医学检验技术、预防医学5个专业，其中临床医学专业、预防医学为学院仅有2个国家控制专业;助产专业为全国职业院校健康服务类示范专业点;药学和助产专业为湖南省特色专业。医学院是全国高等职业学校骨干教师药学专业企业顶岗培训基地、湖南省助产人员岗位规范化培训基地、湖南省乡村医生本土化培养基地、国家职业资格健康管理师与生殖健康管理师等职业培训与鉴定点。
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护理学院具有悠久的办学历史和优良的学风，现有护理、康复治疗技术、医学美容技术、老年保健与管理4个专业。护理专业是护理技能紧缺人才培养培训基地、全国标准化病人培训基地、国家首批老年综合评估与管理培训基地、中央财政支持普惠性专业、中央财政支持实习实训基地、全国五四红旗团总支、省级精品专业、省级优秀教学团队、省级示范性特色专业。同时，护理专业连续三年代表湖南省参加全国高职护理技能竞赛，均获一等奖。
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